《基因工程(第2版)》主要论述基因工程的基本原理、单元操作和应用战略。基本原理涉及基因的高效表达原理、重组表达产物的活性回收原理、基因工程菌（细胞）的稳定生产原理；单元操作包括DNA的切接反应、重组DNA分子的转化、转化子的筛选与重组子的鉴定；应用战略部分以大肠杆菌、酵母、高等动物及高等植物等基因工程受体系统为主线，结合具体的产业化案例，归纳出基因工程技术的实际应用战略。书中还简要述及了蛋白质工程和途径工程的原理与应用。
《基因工程(第2版)》可作为高等院校生物工程、生物技术、生物科学专业本科“基因工程”课程的专业教材，课堂教学建议学时为32；也可供从事生物工程技术研究和开发的人员参考。