《创新的瓶颈与突破》的主要内容是：本课题研究结合我国创新实际、特别是上海创新实践，总结上海自主创新经验，通过理论分析，找出进一步创新的体制缺陷、环境障碍、政策缺陷，并提出相应的对策建议，为提高我国自主创新能力、建设创新型国家提供理论借鉴。本研究重新界定地方政府在城市创新体系中的职责。在前人研究的基础上，提出产学研结合新模式。作者提出城市创新能力评价的基本要素，根据要素特点分别采用定量或定性分析。提出鼓励私募融资参与风投，提倡政府或国有资本参股、外资或民资控股、市场运作的运行新模式。