《存在与实践:马克思的本体论思想研究》主要分为三大部分。绪论部分为第一大部分，本体论的形而上学解读、近代西方哲学关于存在问题的思辨理解模式、以及马克思自然唯心主义时期、法权唯物主义时期和哲学唯物主义时期的实践理解模式的萌芽、发展和升华问题为第二大部分，结论和展望为第三大部分。最终，《存在与实践:马克思的本体论思想研究》，认为马克思的实践理解模式的文本学、发生学和现象学研究能够为马克思的本体论承诺，即马克思关于如何切入及走出存在问题的思想，提供一个很好的辩护。