《广州市水生动植物本底资源》详细记述了2007年7月～2009年6月广州市水生动植物本底资源现状的调查结果，这是广州市历史上首次大规模的水生动植物本底资源调查。全书共分十章，第一章为广州市水生动植物本底资源概述；第二章为水域环境，主要介绍调查区域内的水质状况；第三章至第八章为水生动植物各类群的调查结果；第九章介绍了广州市水生外来入侵物种的现状；第十章讨论了广州市水生动植物资源的保护与可持续利用问题。其中，第二章至第八章按照统一的结构编写，首先介绍全市总体情况，然后依次介绍广州市最主要的两条淡水河——流溪河和增江的资源状况，再分行政区域分别介绍各下属市、区的资源状况，比较详细地展现了广州市水生动植物本底资源的现状。
《广州市水生动植物本底资源》可供广州市政府有关职能部门参考，也可供水生动植物资源和水域生态相关研究领域的工作人员参考。