《中国海洋微生物菌种目录》在科技部自然科技资源平台项目“海洋微生物菌种资源整理整合与共享试点”(No．2005DKA21209)项目的基础上，首次将我国的海洋微生物菌种研究成果汇编成册。体现了下列特色： 收入的海洋菌种多数是近年来分离得到的，共9756株。其中，细菌319个属、1128个种、8378株；酵母32个属、114个种、1065株；丝状真菌，61个属、115个种、313株。根据来源地分，大洋微生物3600余株、极地微生物1000余株、近海微生物4800余株。引进及鉴定的模式菌株220株。
在编写过程中，作者将所有细菌的16S rRNA序列在模式菌数据库中进行比对分析，并根据同源性的高低与理化特征，对菌名进行了修订。
本目录适合于从事微生物研发工作的高校院所及相关企业单位收藏，也可供从事微生物研发的相关研究人员参考。