《生物工程专业实验(第2版)》编写过程中，在尽可能保持第一版风格的基础上，压缩了非实验部分，将第一版第一至第三章合并为第一章；第四章与第八章合并为第三章；酿造工程实验一章扩展为食品生物技术；第七章酶工程与第十章细胞工程实验合并为第五章酶与细胞工程技术；第十一章针对具体的研究目标重新改写为第七章现代生物技术；删除了第一版的最后一章环境工程技术实验。另外，增加了部分新的实验，实验总数达到94项。