《中国根瘤菌》分为四篇：第一篇为概论，主要包括根瘤菌的特点、功能、起源与进化，分类历史与分类系统，根瘤菌与豆科植物共生分子机制，基因组学及后基因组学研究；第二篇为根瘤菌多样性及系统学的现代研究技术与方法；第三篇为中国根瘤菌资源多样性及属、种描述；第四篇为中国根瘤菌生态学，包括地理分布特征，根瘤菌应用历史与前瞻，根瘤菌选种原则和方法，豆科作物与禾本科作物间作互惠效应以及根瘤菌在环境恢复中的作用。《中国根瘤菌》着重介绍我国根瘤菌资源的系统学和生态学以及应用基础等方面的研究，并兼顾国际有关研究的最新进展。
《中国根瘤菌》可为研究微生物多样性和生物地理学领域的工作人员，或从事根瘤菌选种、接种研究与应用的企事业单位提供理论和实践指导；也可作为各大专院校微生物学、农业微生物学、微生物生态学师生的参考用书。