《分子生物学》的内容安排可以概括为三大块，前面三个章节介绍了分子生物学的基础内容。这些章节归纳了遗传学与分子生物学的历史、诞生、发展及展望，生物大分子的基本结构和性质及那些决定大分子结构及功能的化学定律，遗传物质的维持及维护(遗传物质的复制、损伤修复及遗传重组)。随后，安排了分子生物学的重要内容：遗传信息的传递过程(第四章转录，第五章翻译)以及分子生物学的核心内容：基因表达调控(第六章原核基因表达调控．第七章真核基因组及其基因表达调控)。最后，是分子生物学的一些其他内容(第八章细胞信号调节，第九章癌分子生物学，第十章分子生物学研究方法，第十—章基因组学)，其中，第十章分子生物学研究方法着重培养学生应用能力。每章后附有小结和思考题，概括本章的主要内容，使读者能抓住复习的重点。
全书在保持分子生物学学科的知识体系和内容框架的基础上，适当增加了实验研究示例及分子生物学应用的实例，并将重点放在原理及概念上，讨论部分采用了图解的方法，而主要用方框来介绍背景资料、慎重选用实验或研究进展，以避免此书变得过于庞杂。
《分子生物学》坚持基础性、通用性和应用性相结合，在重点阐述基本理论、原理和方法的同时，尽可能反映分子生物学知识或技术的应用，同时介绍一些最新进展，以突出了大部分院校生物类专业偏向应用的特点，适合用作普通高等学校生物科学、生物技术及生物工程等相关专业的教材和参考书。