《环境工程微生物学》主要内容包括绪论；环境工程中细胞型微生物类群——原核微生物及真核微生物；非细胞型微生物——病毒；微生物的营养与环境工程；微生物的代谢与环境工程；微生物的生长繁殖与环境工程；微生物的遗传变异与环境工程；微生物生态学原理与环境工程；水污染控制微生物工程；有机固体废弃物处理微生物工程；废气污染控制微生物工程；污染环境微生物修复工程等。
《环境工程微生物学》可作为环境工程、环境科学、给水排水、环境监测、环境管理等专业的教学用书，也可供从事相关专业的科技人员参考。