《生物医学知识整合论》从信息学的眼光来重新审视什么是生物医学语义和知识，探讨医学信息学实质性地参与医学语义和知识领域的可能性。《生物医学知识整合论》从生物学和临床医学的深层出发，试图从认知科学、逻辑学、数学、信息学、一般物理系统、复杂物理系统、生物系统和临床医学等多学科视角及其关系来审读医学、机体、疾病、医学数据和知识。《生物医学知识整合论》从维度和空间的关系出发探讨了如何从生物医学数据海洋中发掘人体和疾病的投影以及初步探讨了其整合方法。《生物医学知识整合论》首次提出和探讨了一系列的新概念和新理论，包括原始数据的准物理性、动念零维理论和循环常体理论、维度的物理回归及其方法学意义，以及机体泛振荡理论等，大大丰富了医学信息学关于医学语义的哲学含义及其可操作性。