《信息动力学与生物信息学:蛋白质与蛋白质组的结构分析》主要内容由四部分组成第一部分是建立信息动力学的一般理论，说明其来源与意义，及其一般内容与方法，由此形成其理论体系第二～四部分是对蛋白质进行结构分析，包括对蛋白质一级结构与空间结构的分析，空间结构又分为三维结构与空间形态结构两部分内容，其中涉及一系列的信息动力学问题与其他多种不同类型的数学问题，也与生物、医学与医药卫生中的一些重要问题密切相关附录是对物理、化学与生物学中的一些基本知识的介绍，可供不同专业的读者参考，也为《信息动力学与生物信息学:蛋白质与蛋白质组的结构分析》其他各章所直接引用。
《信息动力学与生物信息学:蛋白质与蛋白质组的结构分析》涉及大量生物信息数据库的计算，许多计算结果与彩色图像无法在正文中给出，因此附有光盘一张，作为正文的补充与说明。
《信息动力学与生物信息学:蛋白质与蛋白质组的结构分析》可供数学、生物学、医学、计算机科学等专业的高年级本科生、研究生、教师和科研工作者阅读参考。