《东亚儒学研究论集》文集按总论、传统儒学、现代儒学与中国大陆以外一些地区之儒学研究的思路编排，大致分为四组。第一组为儒学总论，刊载郭齐勇、林安梧与吴根友的三篇论文，从宏观上探讨了儒家文明教养的意义、心性儒学与公民儒学，以及仁爱思想的当代意义。第二组为中国传统儒学论，刊载了丁四新和戴忠路、董红涛、欧阳祯人、陈荣灼、胡治洪、张睿明、王剑、张敏、闰利春、梅约翰、张锦枝、胡春依与魏月萍等十三篇论文，按对象之历史顺序排列，从微观上详细探讨了先秦的孔子、子思、孟子、苟子与郭店简的思想，并对汉代扬雄的性善恶论与汉武帝尊儒的原因，以及宋明的理学宗旨和朱子、杨起元的思想均有较为深入的剖析。第三组为中国现代儒学论，刊载了利瓦伊武、谢远笋、邓丽香与杨卉的四篇论文，开展了对近60年来现代新儒学及牟宗三、唐君毅等新儒家的专门讨论。