《医学微生物学(第6版)》沿用了上一版的基本框架，对具体内容进行了修改和更新。同时对部分章节作了适当调整。例如，在细菌学总论中设了三个部分，分别是第一部分细菌的生物学性状，包括细菌形态学、细菌生理学、噬菌体、细菌遗传学、外界因素对细菌的作用以及细菌的分类与命名六章；第二部分为细菌与宿主的相互关系，即第七章细菌的致病性与机体的抗菌免疫性；以及第三部分细菌性感染的控制，即第八章细菌性感染的诊断与特异性防治。这样，不但让初学者或学生了解细菌总论的基本概念，而且也与病毒总论相对应。与此相应地将真菌一篇也分为真菌学总论与各论两章。另外，原细菌学各论的第二十六章立克次体属与巴尔通体属一章，现改为立克次体属、无形体属和巴尔通体属，加入了嗜吞噬细胞无形体与人粒细胞无形体病有关内容，让广大读者对当前这一新发传染病有初步的了解。同时，对书中涉及的微生物名称、重要的致病物质及所致疾病以及常见综合征的英文词汇进行了修改与补充，以满足读者对有关医学英语词汇的需要。