尽管科学在历史上的作用无人能够否定，但思想史学者似乎一般都比较忽视科学对人类思想进程的影响。而《科学与中国现代思想》作者吴炜认为，知识背景是一个时代思想潮流的重要源泉。事实上，正是第一次在中国建立起来的现代科学知识体系，支撑起了一个由全新的话语系统构筑起来的思想世界，使得原来建立在旧的知识结构基础上的思想文化传统因为脱离了原有知识系统的支持而最终坍塌，一种被称为“现代性”的新思想悄然兴起，而科学正是支撑起现代性这一大厦的极为重要的“底座”之一。
《科学与中国现代思想》由七部分构成。绪言提出问题并说明其研究意义和价值。第一章概述近代科学在中国传播的基本情况及其总体上的思想影响。第二章宏观性地论述科学对中国现代思想所造成的两种性质迥异的基本影响。后三章分别说明科学对中国现代思想的具体影响。结束语指出通过对科学与中国现代思想的关系的实际状况的梳理，有必要也完全有可能重建思想与科学的更为合理的关系，并对此提出大致的、初步的设想。