《新编中成药合理应用手册》主要分为总论、各论两部分。总论部分详细论述了中成药的历史与现状，中成药的常用剂型、分类、临床应用原则、用法与用量、用药禁忌、不良反应、储存和养护等。各论部分按现代医学病症分类，共收载常用中成药1050种，其中绝大多数系《中华人民共和国药典》收载品种，2011年版国家基本药物中的102种中成药也都收入其中。每种中成药按品名、药物组成、剂型规格、功能主治、临床应用、用法用量、药理研究、不良反应、配伍禁忌、注意事项等栏目编写。为了方便西医临床医师阅读，《新编中成药合理应用手册》重点放在【临床应用】、【药理研究】、【不良反应】、【配伍禁忌】和【注意事项】5个栏目。【临床应用】主要介绍该成药适用的现代医学疾病名称及现代医药杂志报道的该品种的临床研究资料。【药理研究】介绍用现代药理毒理学方法研究该品种的药理作用、作用机制及毒性，为西医临床医师应用该成药提供理论依据。【不良反应】收载中国国家药品不良反应监测中心发布的药品不良反应信息通报和医药杂志报道的不良反应。【配伍禁忌】根据十八反、十九畏、中西药配伍禁忌理论具体列出该品种不宜配伍的中成药以及现代研究发现的不宜配伍的中西药药物，使不懂中医药理论的西医师对配伍禁忌一目了然。