《普通高等教育"十二五"规划教材•环境工程微生物学》内容可分为三部分。第1～7章介绍微生物基础知识，包括环境污染与生物治理工程中涉及的主要微生物类型（即原核微生物、真核微生物和病毒）的个体形态与结构，微生物的营养、生理生化、生长繁殖、遗传变异和环境因素的影响；第8～14章主要描述微生物在环境污染与生物治理中的作用；第15章介绍环境工程微生物学实验方法。
《普通高等教育"十二五"规划教材•环境工程微生物学》适宜作为高等院校环境工程、市政工程、环境监测和环境科学等专业的教材，也可供从事环境保护的科技人员参考。