《消化内科主任医师查房》共包括十章内容，以临床工作中诊断明确的住院病例为纲，展开叙述。每个疾病都分为三部分。
第一部分 为病历摘要。对诊断明确的典型病例进行概述，按照患者主诉、体征、辅助检查、入院诊断等格式加以叙述。
第二部分 为查房过程。通过临床查房将所述疾病的诊断线索、诊断标准、治疗方法和最新进展贯穿其中。每一病例的查房，首先归纳该病人的临床特点，设下悬念，上级医师给出解决的方法和步骤，并对检查结果和治疗效果进行分析、判断、综合、评价，最后得出明确的诊断，进行合理的治疗。
第三部分 为专家点评。通过专家对具体病例的诊治点评和对具体疾病诊疗环节的分析，让读者对疾病的发生、发展到结局有个完整的了解，帮助读者从中吸取经验教训。