《新形势下中国特色社会主义政党政治研究》综合运用马克思主义政治学、历史学、社会学等多学科的研究方法进行研究。首先，立足于马列主义、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系的立场、观点和方法，运用理论联系实际的方法，以新形势为大背景，并结合马克思主义政党理论和统一战线学说对中国特色社会主义政党政治进行研究；其次，运用历史分析和比较分析的方法，梳理中国政党政治发展演变的历史脉络，总结中国政党政治运作的历史经验；再次，运用系统论的研究方法，从分别研究中国共产党的建设或参政党建设，提升到对中国特色社会主义政党政治全面综合的研究。