《知识•思想•权力:中日现代"世界秩序观"形成之比较研究》在方法论上的另一突破，是以往政治思想史的研究，往往只重视思想家或握有政治权力的人物具有实践意义的政治主张的研究，很少将权力分析纳入政治思想研究体系。而《知识•思想•权力:中日现代"世界秩序观"形成之比较研究》在剖析思想家的思想主张及其社会影响时，把“思想”与“政治权力”之间的互动纳入到研究范畴之内，一方面注意政治权力结构对政治意识的影响和制约作用；另一方面也注意政治思想对政治权力的反作用。实际上任何时代的任何政治思想，如果不对政治权力发生作用，产生影响，而仅限于藏之名山、传诸后代的话，其社会影响，尤其对社会发展的作用，将是十分有限的。魏源《海国图志》一书在近代中国和日本遭遇的不同命运就充分证明了这一点。《知识•思想•权力:中日现代"世界秩序观"形成之比较研究》作者有鉴于此，在研究中十分强调“思想”与“政治权力”的互动交流，并从二者之间的互动中把握多个时期政治思想发展的真实轨迹。据此，作者认为：19世纪中叶前的中国思想界虽然发生了剧烈变化，但在强大的封建专制政权压制下，其现代思想并未形成具有一定影响的体系。