《进化论的结构:生命演化研究的方法论基础》内容围绕进化论的科学地位及其与物理科学的关系等问题展开。近三十年来，有关进化生物学的哲学争论吸引了一大批生物学家和哲学家，以致这些争论问题构成了当代生物学哲学的核心话题。这些争论的问题包括：进化论的公理化方案、自然选择原理的解释作用、选择单位、适应主义纲领以及适合度的定义、进化规律、物种概念的定义、分类学的基础等。这些争论最终都涉及了进化论的科学地位问题。《进化论的结构:生命演化研究的方法论基础》对这些争论进行了介绍和梳理，而这项工作在国内以前还很少有人进行。
复杂性研究近年来受到广泛关注，生物复杂性、社会复杂性、管理复杂性探讨为其重要分支。《进化论的结构:生命演化研究的方法论基础》的探讨内容属生物复杂性方面。通过考察生物进化论的结构和性质，《进化论的结构:生命演化研究的方法论基础》为回答关于复杂性的研究能不能成为一门科学、复杂性科学与伽利略以来的物理科学在方法论上存在着怎样的差别这类问题提供了某种借鉴，因为物种进化现象非常复杂，达尔文以来的进化论可以被看作是复杂性科学的一个范例。
《进化论的结构:生命演化研究的方法论基础》作者是国内少数对生物学哲学思想有长期、系统研究的学者之一。全书材料翔实，理路清晰，论述深入，时有创见。具有普通生物学知识和科学哲学常识的读者，都可以读懂《进化论的结构:生命演化研究的方法论基础》的大部分内容。