《三三医书》，又名《秘本医学丛书》、《九九医学丛书》，此书的编纂对中医事业做出了巨大的贡献。保存了大量的中医骨本秘籍。

第一集
温热逢源(清.柳宝诒撰）
医事启源(日.今村亮撰）
医经秘旨(明.盛寅编）
医病简要(清.张畹香撰）
医阶辨证(清.汪必昌撰）
喉科秘诀（原题.破头黄真人撰、 何光编）
疬科全书(清.梁希曾撰)
重订时行伏阴刍言(田云槎撰)
村居救急方(魏祖清编)
驱蛊燃犀录(清.燃犀道人撰)
外科方外奇方(清.凌奂编)
咳论经旨(清.凌德撰)
临症验舌法(杨云峰撰)
沈氏经验方(清.沈维基撰)
重订痧疫指迷(清.费养庄编、顾晓澜评)
重订灵兰要览(明.王肯堂编、 顾金寿重订)
凌临灵方(清.凌晓五编)
推蓬寤语(明.李豫亨撰、王兰远节录)
旧德堂医案(清.李用粹撰 、 唐玉书记)
内经辨言(清.俞樾撰)
新刊诊脉(管玉衡编)
专治麻痧初编(清.凌德编)
评注产科心法(清.汪诘编、 徐召南评)
本草衍句(著者佚名、 金山农录)
先哲医话(日.浅田惟常撰)
陈氏幼科秘诀(苏州世医陈氏传)
秋疟指南(林天佑编)
备急灸法(宋.闻人耆年编)
医源(清.芬余氏撰、 卢育和录)
马培之医案(清.马培之撰)
类证普济本事方续集(宋.许叔微撰)
曹仁伯医案论(清.曹存心撰)
南病别鉴(清.叶桂撰、 宋兆祺增注)。
第二集
医脉摘要(清.萧涣唐编)
崇实堂医案(清.姚龙光撰)
千里医案(清.张千里撰)
医学课儿策(清.高鼎汾撰 王泰林注)
经历杂论(清.刘恒瑞撰)
痢疾明辨(清.吴士瑛撰)
伏邪新书(清.刘恒瑞撰)
鬼遗方(齐.龚庆宣撰)
医医医(清.孟今氏撰)
察病指南(宋.施发撰)
温证指归(清.周魁撰)
女科折衷纂要(清.凌德编)
延陵弟子纪要(清.曹存心撰 、 吴元善录)
过庭录存(清.曹存心撰)
医中一得(清.顾仪卿撰)
医学说约(清.秋田散人撰)
医学妙谛(清.何其伟撰)
发背对口治诀论(清.谢应材撰)
脚气治法总要(宋.董汲撰)
集验背疽方(宋.李迅撰)
伏瘟证治实验谈(蒋树杞撰)
肯堂医论(明.王肯堂撰)
伤科方书(江考卿撰)
和缓遗风(清.金子久撰)
证治心传(明.袁班编)
金氏门诊方案(清.金子久撰)
长沙正经证汇(日.田中荣信编)
治痢捷要新书(丁国瑞编)
素问校义(清.胡澍学撰)
中风论(清.熊笏编)
琉球问答奇病论(清.曹存心撰)
羊毛瘟证论(清.随霖撰)
走马急疳真方(宋.滕伯祥撰)
第三集
医学辑要(清.吴绛撰)
阴证略例(元.王好古撰)
疡科纲要(张寿颐撰)
医验随笔(清.沈祖复撰)
历验再寿编(童月轩录)
仿寓意草(清.李文荣撰)
毛对山医话(清.毛祥麟撰)
沈氏女科辑要笺(清.沈尧封编、 徐政杰补注、 张寿赜笺疏)
绘残篇(沈萍如撰)
重订喉科家训(刁步忠撰、 刁质明编)
外科学讲义(刘丙生编)
医余(日.尾台逸撰)
伤风治证约言(日.后藤省撰)
解围元薮(明.沈之问编)
丹溪脉诀指掌(元.朱震亨撰)
医学体用(王普耀编、 沈仲圭录)
疝症积聚编(日.大桥尚因撰)
医易一理(清.邵同珍编)
虺后方(明.喻政编)
医津一筏(清.江之兰撰)
许氏医案(清.许恩普撰)
医经读…(清.沈又彭撰)
摄养枕中方(唐.孙思邈撰)
灵药秘方(清.师成子编)
药征(日.吉益东洞编)
评琴书屋医略(清.潘名熊撰)
重楼玉钥续编(清.郑承瀚撰)
伤寒论读(清.沈又彭撰)
药征续编(日.村井村撰)
上池杂说(明.冯时可撰)
暑症发原(李识候参订)
徐渡渔先生医案(徐渡渔撰)
行军方便便方(清.罗世瑶编)