《中国灾害通史(元代卷)》第一章意在为《中国灾害通史·元代卷》找到一种历史哲学，这样有益于部分爱做终极思考的读者阅读和思考。这一历史哲学的主旨不同于现代流行的历史哲学，它直接从中国古代传统文化汲取营养，用纯粹中国思维方式来看待灾害史和历史，以此彰显灾害史的意义。第二章意在解释灾害的发生原因和机制，同时也是为了勾勒出我们历史哲学的历史本体。笔者认为所有的自然灾害共有一个发生环境，这一环境由自然环境和人类社会环境共同组成。因此灾害是一个人与自然交往的结果，带有必然性，与灾害斗争不如顺应自然。在和平时期，人类面临的困难更多来自自然灾害，因此一个国家应该有和平时期的救灾战略和救灾体制。历代王朝往往因为缺乏合理的救灾战略和救灾体制，加速了灭亡，足以彰显灾害对元代乃至整个历史的作用。或者换个角度，与第一章一起，让人们看到我国元代历史怎么样对以后中国历史和世界历史产生作用，即昔日的历史本体是如何演化为今天的政治经济现状。第三章分别论述了元代主要的几种自然灾害，探讨了其分布规律、发生原因等，根据灾害种类影响的大小，论述有详有略。第四章介绍了元代的救灾措施，包括元代的救灾手段和组织方法。第五章介绍了元代人的灾害思想，探讨了那个时代的人是如何认识自然灾害的。
《中国灾害通史(元代卷)》附录部分设计了元代灾害年表，所收集材料的年代从成吉思汗创建政权、经营蒙古高原开始，到元朝灭亡为止，这样方便对元朝灾害的特点、救灾防灾活动及其影响进行研究。旱灾以北方为主，从中统元年开始统计。水灾南北都较严重，所以从元朝统一全国时开始统计。年表所收灾害以自然灾害为主，尽量收集各种灾害资料，饥灾多为自然灾害的结果或者战争的后果，也收入，可以方便研究自然灾害的影响。火灾发生有的和自然因素有关，然多和人为失误有关，所以不收集。
《中国灾害通史(元代卷)》所用引文出自《元史》的，如果和年表收集的资料一致，不再注明出处，以免重复。
如无特殊说明，书中所用月份为中国阴历月份。
参考文献罗列的乃是《中国灾害通史(元代卷)》引用其资料或者观点的书或者论文。