《儿童肠道菌群:基础与临床》分3篇共24章。第一篇为肠道菌群基础部分，分为6章，分别介绍小儿消化道的解剖生理特点、肠道菌群的形成和组成、研究工具和方法、人类宏基因组项目、小儿肠道菌群的建立及其影响因素、肠道菌群的生物拮抗及其在感染中的作用、肠道菌群的维持和增强肠道屏障作用、肠道菌群的免疫作用以及肠道菌群的营养和代谢作用。第二篇为益生菌药物部分，分为8章，分别介绍几种主要的益生菌的药理药效作用，如双歧杆菌、乳杆菌、酪酸梭菌、布拉酵母菌、地衣芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌等，对益生菌的安全性和临床应用进行介绍。第三篇为肠道菌群临床部分，分为10章，分别介绍肠道菌群在腹泻病、坏死性小肠结肠炎（NEC）、肠易激综合征（IBS）、抗生素相关性腹泻、炎症性肠病（IBD）、幽门螺杆菌感染、内源性感染、肝胆疾病、过敏性疾病、代谢性疾病等领域的相关进展和益生菌的临床应用。