《内经讲义(第2版)》共分上篇、下篇、附篇三部分，上篇是《内经》概论，内容加强了《内经》的文本结构与理论体系构成的思维方式介绍；下篇是原文选读，按照学术内容分章节，每节下又根据不同的内容，按顺序编号归类。每章篇题下概括论述本章的主要学术内容，在每段原文下，按照需要给予校注和简要的按语。按语主要针对原文中具有理论内涵和临床指导价值的文句或医理进行阐释与发挥，以帮助学生理解《内经》深刻的医学理论。每条按语的第一句话为该段原文中重要文句或提炼的医理。