《皇甫谧医著集要》分上、中、下三篇，上篇讲述皇甫谧生平事迹及其医学成就，并简单勾勒后世医家对其传承延续的大致轮廓；中篇撷取了《针灸甲乙经》中经络腧穴、刺法灸法、针灸治疗等针灸学的核心内容，探寻其针灸学术思想的渊源脉络；下篇广泛搜集近代以来医学文史诸家对皇甫谧在医学领域里的主要贡献的研究成果，并分类归纳。