《问题发现思维研究》分为四个部分，共十一章。第一部分介绍问题发现研究的概况，包含第一章“问题发现研究述评与构想”，是全书论述和研究的理论基础。第二部分介绍问题发现思维的理论研究，包含第二章到第六章，通过实验的方法，从多个思维角度对问题发现过程进行系统考察。第三部分介绍问题发现思维的应用研究，包含第七章到第十章，探讨了问题发现思维在三个典型领域的应用情况及其相关的影响因素。第四部分对问题发现研究作总结与展望，包含第十一章“总结与展望”，尝试建构问题发现思维模型，阐述了全书研究的贡献与不足，并对未来的研究方向作出展望。