《中国重点大学制度建设中的政府干预研究》采用新制度主义社会学理论的基本观点和假设，在对斯恪特制度分析的三维框架进行矫正的基础上，确立起“规则一价值”导向型的政府干预模型，对重点大学准入制度、运行制度、退出制度中的政府干预行为和角色扮演进行比较深入和系统的研究，最后对政府干预重点大学的合法性进行追问，并进行回归检验。研究采用了文献法、访谈法、回归分析等研究方法。研究发现：
(1)中国的重点大学建设是一项系统的制度建构过程，由于受外部环境的影响，制度建设呈现“间断一平衡”式的渐进特点。同时，重点大学制度建设不够健全，过于关注重点大学准入制度和运行制度的建设，而相对忽略了退出制度的建设。
(2)“父爱主义”的干预意识和“资源瓶颈”的约束是造成政府难以进行有效干预的主要原因，在多数时候，政府干预重点大学不是越位问题，而是根本就没有正确的定位。
(3)政府干预的方式、重心在不断发生转移，这种转移表明政府干预处于“放”的过程中，但是，政府在放权的过程中也回避了某些责任，而对重点大学人才培养和知识生产的干预则有加强的趋势。
(4)既定的制度模板为政府干预重点大学提供了合法性基础，但是，在自上而下的制度生成过程中，由于政府职能的扩张性以及政府干预行为的官僚性等特征，政府在干预目标、措施、程序等方面存在某些偏差，产生了一些弊端，影响到政府干预行为的社会认同。
(5)回归分析表明，不同的干预指标有可能产生完全不同’的结果。政府拔款和重点大学的发展状况之间存在比较强烈的正向依存关系；政府的行政指令、政策控制等其他干预指标也与重点大学的发展存在强相关，但某些干预指标或因素的相关表现出一定的负相关趋势，即政府干预越多，控制越强，弊端可能会越多，重点大学的发展状况可能越差。
最后，针对研究发现提出《中国重点大学制度建设中的政府干预研究》的政策建议。