《钱学森系统科学思想研究》探讨钱学森系统科学的思想来源和形成发展过程，论述钱学森系统科学体系结构，考察钱学森在系统科学的不同层次、不同学科中提出的新概念、新原理、新方法，评价钱学森对这门新兴科学的独特贡献，并且放在世界系统科学发展的总趋势中解读钱学森的学术思想，对中国过去三十年进行回顾和反思，探讨系统科学如何进一步发展。