《滇南本草》分上中下3卷，载草、鸟、兽、虫四部，共计280味药。各药下，首载异名、性味、归经、良毒等；次列功效主治，对于易于混淆的药物，提出详细鉴别；末为单方或验方应用，间附医案。少数药物尚有眉批。《滇南本草》比李时珍《本草纲目》早140余年问世，李时珍采访药物亦未曾到达云南边疆，书中有不少药物是《本草纲目》及其他本草所未载。作者广泛收集了云南出产的中草药，凝聚了云南边疆各民族宝贵的用药经验，如近年来证实的灯盏花治偏瘫，紫金皮治类风湿，金铁锁治肿瘤，石椒草、大一枝箭治疗炎症等均见于此书，因此《滇南本草》具有较高的参考价值。