孙清鹏等编著的《生物信息学应用教程》分为绪论、生物信息学相关的生物学基础、生物信息学数据库、数据库查询、序列比对与数据库相似性搜索、DNA序列分析、蛋白序列分析、生物信息学软件及使用、文献信息检索、Endnote x4参考文献管理软件11部分。编者根据自己的教学实践，以图文并茂的方式介绍相关内容，以期达到使学生能够了解和掌握一些较常用的生物信息资源和工具的目的。
《生物信息学应用教程》是一本简明且实用性较强的生物信息学教程，适合生物学相关的非生物信息专业的学生使用，也可为从事生物学及相关专业的教学、科研人员参考使用。