《行政事业单位内部控制制度设计操作指南》是以2012年11月发布《行政事业单位内部控制规范》（试行）为依据，并作为其宣传、实施和推广的实务配套教材进行编写。除了第一章侧重于行政事业单位内部控制制度设计的整体思路，其余章节的内容是将行政事业单位整体划分为组织层级和业务层级，业务层级包括预算控制、收支控制、采购控制、资产控制、工程项目控制、会计控制和合同控制，针对每种业务详细讲解了该模块的内部控制制度设计，并基于风险管理的思想，在每一章结构的设计上，《行政事业单位内部控制制度设计操作指南》按照“业务流程描述”——“主要风险点分析”——“关键控制措施设计”的脉络进行。《行政事业单位内部控制制度设计操作指南》的编写组成员为行政事业单位内部控制研究所的骨干力量，深入到行政事业单位现场，对单位组织架构和业务流程进行潜心研究，先后在深圳市交通运输委员会、广州市人力资源与社会保障局、国务院机关事务管理局等行政事业单位进行实地调研，在风险识别与分析、内部控制制度设计和信息化落实过程中积累了大量的实务经验。