《流域生态环境补偿机制研究》包括一个总论，8个专题报告。总论部分界定了生态补偿机制和流域生态环境补偿机制的内涵，阐述了建立流域生态环境补偿机制的理论基础和政策法规依据，提出了建立省际间流域生态环境补偿机制的总体框架和政策建议。专题报告包括：国内外与流域生态环境补偿相关的理论与方法研究综述；我国与流域生态环境补偿相关政策评述；国内流域生态环境补偿的案例与启示；国外有关生态环境补偿的实践；海河流域京冀间生态环境补偿机制框架；流域生态环境补偿政策框架设计；国内流域生态环境补偿调研报告和德国流域生态补偿考察报告。