《民国西医高等教育(1912-1949)》在结构安排上共分四章。第一章从时间维度上对民国西医教育做一个总体的把握。为了研究的方便，把民国西医高等教育划分为三个时期来展开：奋力前行的萌芽时期（1912—1926）；西医教育本土化及其鼎盛时期（1927—1937）；逆境图存的低谷时期（1937—1949）。本章对民国前期西医的出现及其发展情况亦作了简要的回顾，作为本章第一节的内容。第二章对民国西医高等教育采取了从类型切入，进行分类研究。分类的依据既考虑了各院校的主办者，又考虑创办的时间顺序，分为四类，每一类选取其典型代表进行论述：教会医学在民国期间无论在办学数量还是在办学质量上都是首屈一指的，影响也最大，因此，教会西医高等教育便作为第一种类型，圣约翰大学医学院以其鲜明的特点和高质量而成为教会医学教育的典型代表；第二种类型为国民政府办西医高等教育（含国立和省立），主要以国立北京医学专门学校和上海医学院为例；第三种类型为外国政府或财团办学，主要选择同济作为例子；受教育救国、实业救国思想的影响，一些实业家开始创办教育——国内私人办学为第四种类型。最后，在章末对这四种类型院校的办学经验及得失进行了对比分析。