《中国近岸海洋环境质量评价与污染机制研究》内容分为三篇9章。第一篇“我国近岸海洋环境背景、质量状况与主要问题”包括第1章至第3章，主要以“908专项”调查成果为主，结合自20世纪70年代以来的海洋环境监测与调查成果，评估我国近海海洋环境背景和污染基线，系统评价近岸海洋环境质量现状及变化趋势，分析近岸海洋环境的主要特征和面临的主要问题。其中，对近海海水水质、沉积物质量和贝类生物质量状况的评价主要基于“908专项”于2006—2007年的调查结果，在趋势评价中则综合利用“全国第二次污染基线调查”至2009年的海洋环境调查与监测数据。第二篇“自然变异和人类活动对我国近岸海洋环境质量状况的影响”包含第4章至第6章，分别就影响我国近岸海洋环境质量状况的三大自然变异作用（污染物的生物化学过程、水动力输移作用、全球变化等）和主要的人类活动类型（流域人类活动、沿岸陆源排污、海上开发活动、大气沉降等）进行研究，剖析其对近岸海洋环境的影响……