清官配方档将成方分为16门：风痰、痰嗽、伤寒、暑湿、燥火、脾胃、眼目、疮科、妇科、小儿、补益、泻痢、咽喉口齿、气滞、痰症、杂治；《清宫配方集成》在此分类基础上，结合临床分科现状与需要，将泻痢门归入脾胃门，将痰症门归人风痰门，将咽喉口齿门分为咽喉、口齿两类，另增加瘟疫、伤科、耳鼻、肛肠、美容等类，共20类方。针对具体每个配方的归类采取的原则是，原来已归类的参照原方，未归类的编者根据功效主治纳入；由于关注点的不同，每个配方或可有不同归类法。

清官配方的出处指的是该方来自清官何种档案或资料，包括丸药配方档、御药房丸散膏丹配方、药库丸散膏丹配方档、修合成方、上用丸散膏丹配方簿等配本，及清官配方治方手抄本与清官医药档案中散方等原始文献；出处还说明了配方同时见于《清太医院配方》、《清太医院秘录医方配本》、《太医院秘藏膏丹丸散方剂》等专著中的情况。