《古代疾病名侯疏义》是作者为编写中国医学史所做的基础性研究的一项成果。作者认为医史中相当重要而又最为难写的便是疾病史，应当率先着手。他搜集材料的工作是从古代经籍的解说开端的。从1937年起，作者把汉代的《尔雅》、《方言》、《说文解字》、《释名》和稍后的《广雅》等训诂书以及《十三经》中关于疾病的条文搜集起来，一部一部地加以解释，至1947年终告完成，1953年合并刊行。余氏解释古书中疾病名候，主要是广集医书和非医学典籍中的语证，贯穿以清代干嘉学者的训诂之法，再据现代医学之理确定相应的疾病术语。其考据之功深厚，结论大多确实。在医理分析上，则凭当时医学认识为说。以今天的视角观之，《古代疾病名侯疏义》在疾病名候文献材料上和文字解释上仍有一定参考价值。