杨仁山办刻经处，一为刻印佛经，二为给佛教界提供一方研究场所。他把刻经与讲学合为一体，在刻经处办僧学堂“祗洹精舍”和“佛学研究会”，亲自讲授佛学，在当时影响颇大，被学者梁启超称为晚清思想界的一支“伏流”（地下河流）。在他的门下曾出现了欧阳竟无等佛学大师。
清光绪（1875――1908年）初年，杨仁山曾作为随员在英、法两国“钦差署”供职。他在英国博物馆中看到国内无处寻觅的中国古本佛经。甚为感慨，其刻经宏法的决心愈益坚定。这期间，他结识了日本佛学冢南条文雄，共同切磋佛学。后曾托南条文雄从日本等国寻回旧刻经卷二百八十余部，其中有隋（581――618年）唐（618――907年）间失传而千余年未曾出现的典籍。他也为日本藏经书院编印的《续藏经》提供了所缺典籍百余种，为中日佛教文化交流作出了贡献。
“杨居士是位博学多识的开明人土”，刻经处的研究人员、83岁高龄的李安居士介绍说，“他兴趣广泛，对西方天文、测量和建筑学均有研究，多次从国外带回新仪器，并自造浑天仪、地球仪供学校教学使用。他还发起组织了测量学会。”杨居士曾给诸子留有这样一则遗嘱：“刻经处系吾三十余年经营所成，永远作为流通经典之所，尔等均不得认为己产。”这一开明之举，在当时实所罕见。1911年杨仁山逝世后，门人遵照他的遗言，在经版楼前为他建造了墓塔。
杨仁山居土一生讲学刻经，遗著颇丰，佛学界对他评价甚高，称他为“近代复兴佛学的一代宗师”。当代佛学家、中国佛教协会会长赵朴初先生在《金陵刻经处重印经书因缘略记》中这样写道：“近世佛教昌明，义学振兴，居士之功居首。”