《中国生物多样性本底评估报告》基本建立了生物多样性评估的指标和方法，分析了中国陆地和内陆水域生态系统的宏观结构，介绍了在全国首次系统采集的基于县级行政区域的物种分布数据库，详细分析了中国野生维管植物、哺乳动物、鸟类、爬行动物、两栖动物和鱼类的现状、空间分布特征及主要威胁因素，明确了影响野生维管植物和脊椎动物分布的主要因素，识别了生物多样性保护空缺，提出了有针对性的对策建议，并配有大量物种空间分布图。