《普通高等教育"十一五"国家级规划教材:基因组学(第3版)》共分14章，分别是：基因组、遗传图绘制、物理图绘制、基因组测序与序列组装、基因组序列注释、基因组解剖、基因的转录调控、转录物组、蛋白质组、基因组表观遗传、基因组的复制、基因组进化的分子基础、基因组进化的模式、基因组与生物进化。与第2版相比，第3版在如下方面做出了重大调整：第4章新增第三代测序；第5章增加基因本体及采用GeneOntology注释基因方法；第8章由原“RNA修饰与加工”改为“转录物组”，第8章中涉及小RNA、非编码RNA及其在不同层次的基因调控内容进行更新；第9章由原来的“蛋白质合成与加工”改为“蛋白质组”，相关内容进行更新；第10章扩充了表观遗传学内容。书后新增索引，各个章节根据学科进展和教学需要，对有关数据、图表、思考题、参考文献等也进行了更新和调整。