《手性化合物的构效关系研究》系统地介绍了手性化合物构效关系研究的主要方法：基于CIP规则的二维拓扑指数手性扩展、已有某些拓扑的手性扩展及应用、构象独立及构象依赖手性拓扑指数、基于物化参数的手性指数、化合物的形状比较及二维拓扑指数（第4章至第9章）。作为铺垫，第1章至第3章分别介绍了图论的基本概念、有机化合物的空间异构及手性化合物的几何定量。第10章和第11章分别介绍了化合物二维及三维异构体的穷举生成算法，这种算法可用于构效关系研究中样本集的计算机衍生。