《长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区科学考察报告》建议从强化监督管理等9个方面加强对保护区的管理，以实现长江水生生物资源的可持续利用。2006～2010年，对长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区及其周边的社会环境等进行了全面深入地调查研究发现，保护区河流生境条件特殊且多样性丰富，水质总体状况良好，能维持较自然的水文状况，是众多珍稀、特有鱼类唯一的或重要的栖息和繁育场所。保护区共有鱼类199种。其中70种为特有鱼类，38种被列入各级保护名录。其他水生生物包括浮游植物403种，浮游动物431种，底栖生物296种，周丛生物141种。大型水生高等植物28种。航道建设、航运、采砂、污染物排放、捕捞等涉水人类活动是影响保护区保护目标和功能的重要因素。