《论语疏证》旨在疏通孔子学说，首取《论语》之文前后互证，次取群经诸子及四史为证，无证者则缺之。疏通的次序，大抵训解字义、说明文句者居前，发明学说者次之，旁证之事例又次之，旁证推衍之文字复次之。总体上由浅入深，由近及远，以便读者参悟。陈寅恪序《论语疏证》时，以为此法殆与宋贤治史之方法暗合，为治《论语》者从来之所未有，可为治经者辟一新途径。