《中国伊斯兰探秘》如下安排 ，除了前言和结束语外，共分十二章。
第一章为导言，介绍刘智生活的时代，有关的社会背景和材料以及他的思想渊源。第二章介绍刘智的思想模式。这是他的神秘主义思想体系的基本框驾。
第三章涉及刘智的最高精神实体“真”的基本含义、特点，以及“真”在理论和形化过程中的内在关系。
第四章涉及刘智关于光的思想。光在他的思想体系中具有特殊的地位。
第五章涉及刘智的性理思想。性理思想在他的思想体系中具有中心的地位。性指人性、理指物理。本章着重介绍“真”所显示的人性的不同层次及其特点、人性机能、人性与人体的关系、人性与情欲的关系、人的后天品性等级、人性的使命等问题。
第六章涉及刘智关于“世界”的思想，包括天体大世界和人身小世界。
第八章涉及刘智关于“思统”的思想。
第九章涉及刘智关于“复归”的思想。
第十章介绍刘智的宗教、伦理思想。包括他关于天道五功、人道五典以及如何尽人道以合天道的主张。
第十一章介绍刘智的神秘观。本章以他的《五更月》和《天方字母解义》两本著作为实例。从内容上具体分析并介绍他的神秘主义思想。
第十二章介绍刘智思想的截体。本章通过具体事例说明，刘智的思想当前在国内仍有重要影响，并以此表明刘智思想乃伊斯兰教在中国地方化和民族化的一个典型表现，刘智本人则是中国伊斯兰教内的汉学派的重要代表。

前言
第一章 导言
第二章 思想模式
第三章 “真”论
第四章 “光”论
第五章 “性理”论
第六章 “世界”论
第七章 “认识”论
第八章 “四统”论
第九章 “复归”论
第十章 宗教、伦理观
第十一章 神秘观
第十二章 思想载体
结束语
后记