《学科教育学》的主要目的是创立一个学科教育学理论体系。绪论部分论述了建立一个学科教育学理论体系的必要性、合理性；第一、二、三、四、五、六章分别阐述学科教育学理论体系的六个层面：人材规格；学科课程；学科学习；学科教学；现代教育技术与学科教育；学科教育评估。笔者的思路是：学校教育包括两大部分，一是集中性、整体性、显性的学科教育，一是弥散性、在一定意义上说是隐性的非学科教育，其中学科教育是迄今为止得到人们充分关注的部分（人们很少意识到学校教育中学科教育与非学科教育的分野，较少关注弥散性的、渗透面极广的非学科教育，然而，这并不是说非学科教育不重要）；学科教育的基本目的在于实现人材规格，因此以“人材规格”为第一章；学科体系的实质乃是知识（指广义上的知识）体系，学科教育的过程从本质上可以归结为知识教育的过程，而知识教育的过程包括课程、学习、教学、评估这几个基本层面，这几个基本层面是实现学科教育目的即人材规格的手段。其中，课程从本质上讲是知识的分化与建构过程；学习从本质上讲是知识的获得与生长的过程；教学从本质上讲是知识的传播与培育的过程；评估作为学科教育的终点环节，是对知识教育之效果的判断、估价并通过此而改进学科教育的过程。同时，现代教育技术已成为学科教育的意义重大的新平台。这样就形成了第二、三、四、五、六章的主标题；知识的分化与建构；知识的获得与生长；知识的传播与培育；知识学与教的新平台；知识学与教的效果。按照这样的思路，形成了学科教育的理论体系。