《保健食品原料手册》第一章是中国、日本和美国有关“保健食品”和类似“有益于健康的食品”的沿革、政策、分类和发展概况。第二章是按中国规定的“增强免疫力”、“降血脂”、“降血糖”等27类保健食品功能，分别介绍它们的含义、控制标准、评价和检验方法、至2006年3月28日以前所批准的部分物质和部分批准号，以及其他具有这类功能的物质名单。以供研发各类保健食品的人员参考。
第三章是根据国内外有关资料，综合介绍547种保健食品原料的中文名称、英文名称、主要成分、化学结构、性状、具体的生理功能和它们的量效关系等有关数据或图表、制法、质量指标、安全性评价等基本参数，并适当介绍已有产品的国家批准号和批准功能，以及生产单位、参考价格和参考资料等。所介绍的各种保健食品原料，包括卫生部2002年所公布的“既是食品又是药品的物品”87种和“可用于保健食品的物品”114种，以及国外使用较广、有具体生理功能参数的品种共547种。比《保健食品原料手册》初版时的240种增加307种。
另附有国家近期颁布的有关法规、规定和中文索引、英文及拉丁文索引。
《保健食品原料手册》供广大保健食品原料和产品的生产厂商以及有关医药、卫生、贸易、供销、生产、研发的人员参考，提供品种选择、生理功能评价、质量标准和检验、制法等方面的有关资料。